R语言学习-富集分析泡泡图回应

一个command出图，小白上点心可以的

图是ggplot2画的(散点图)，在脚本功能描述里有写。只需要在终端输入脚本的名字sp_enrichmentPlot.sh
(脚本需在环境变量中)就可以看到脚本功能描述、输入文件样例、参数列表和使用例子。
目前脚本的输入是不支持Windows的Excel格式的，只支持TAB分割的文本文件。之前一直在Linux下工作，文件名都不写后缀的。后来跟Windows用户打交道多，为了方便他们打开，强行加了xls后缀，这一点有误导。
脚本依赖R，这是应该做一个判断和提示的。但有R却提示ggplot2包或其它包不存在，是可以用-i TRUE来自动安装包的。(最近在跟德春合作，完善包的自动检测和安装，最后一起整合在分发包。)
Y叔的这两点确实戳中了当前文档信息不完善的弱点，也希望大家多反映使用过程中的问题，帮助我们改进文档。
不过话说回来，如果仔细看了当前脚本的功能描述和参数提示，上点心得小白不只可以一步画图，还可以随意调整样式。

不只clusterprofiler的用户需要

关于硬伤

示例图中没有overlap不是绘图脚本的问题，是数据筛选的问题。脚本如实反映筛选出的数据。如果选择的通路在一个基因集合富集，另外一个不富集，就不显示；如果选择的通路是在多个基因集中都富集的，但富集程度不同，是可以显示的;而且这些通路会优先显示在图的上部，下面我会给出例子。

一步出图也可以定制

说到互动，一步出图不只可以，而且还可以记录互动(给每个输出文件加个唯一的字符串做为文件名的一部分就可以了，不过这个没用到，之前就没写这个参数)。
拿Y叔的数据做个例子

library(clusterProfiler)
library(dplyr)
data(gcSample)
x <- compareCluster(gcSample,'enrichDO')
#获取数据，取出每个组最富集的10个条目，存储起来
#不麻烦的吧
x <- x@compareClusterResult
y = x %>% group_by(Cluster) %>%top_n(-10, pvalue)
y = x[x$Description %in% y$Description,]

在样品名中包含差异基因的数目

#这个不解释了，前面绘图教程中提到过
y$Sample <- paste0(y$Cluster,"(",unlist(lapply(strsplit(y$GeneRatio, '/'), function(x)x[2])),")")
#这次存成tsv，省得误会了
write.table(y,file="enrichment.tsv", sep="\t", col.names=T, row.names=F,quote=F)

首先出第一个图，很简单，一个命令，设置下颜色。

+更正下，我这里作弊了一下，之前点的大小都是Gene Count这样的纯数字列来显示的，不支持GeneRatio这样的分数形式的列(上一版本，如果GeneRatio出现在横轴是支持的)，做了下修改，也支持了。如果想用之前的代码重复，把-s GeneRatio改为-s Count。

#具体参数解释看上一篇公众号文章
# -C:指定颜色，默认是红绿，可以是任何两个R支持的颜色名字
sp_enrichmentPlot.sh -f enrichment.tsv -oSample -T string -v Description -c p.adjust -s GeneRatio -C"'red','blue'" -w 16

图略有不同，是因为排序的方式不同。sp_enrichmentPlot.sh设置的是先按照出现在不同样品最多的条目优先的策略，可以清晰的看到哪些是不同基因集共同富集的，哪些是不同基因集特异富集的。其它的都一样。当然没有设置字体参数，字体略小了些。

说还想要个紫绿的，也可以，只需改两个单词，而不是加一段代码scale_color_continuous(low='purple', high='green')。

sp_enrichmentPlot.sh -f enrichment.tsv -oSample -T string -v Description -c p.adjust -s GeneRatio -C"'purple','green'" -w 16

改变下形状，也可以啊。程序中都留有一个参数可以写入ggplot2语句，就是下面的-z。那么，ggplot2能修改的样式也都可以。常用的修改会做成一个参数，不常用的就只能直接写命令了。能在Rstudio里面敲，那么也能在命令行敲。

#-z:后跟任何合法的ggplot2语句
sp_enrichmentPlot.sh -f enrichment.tsv -oSample -T string -v Description -c p.adjust -s GeneRatio -C"'purple','green'" -w 16 -z "+aes(shape=GeneRatio>0.1)"

-z “+ any legal ggplot2command”
当然这一步也可以不通过增加ggplot2语句来实现，在数据中加一列就好了，通过-S指定参数。
不加ggplot2语句,只修改命令行参数，sp_enrichmentPlot.sh也可以调整图例的位置、输出文件的格式、是否对p.adj取log、是否分面等。

一步作图的优势