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20171103-用single_rarefaction.py为

来源:东饰资讯网

代码示例:

1. single_rarefaction.py -i OTU_table.biom -o OTU_table_even10000.biom -d 10000

参数: -i 后接输入文件,通常为biom格式

-o 后接输出文件,即为稀释后的文件

-d 表示要稀释为的深度,即序列数,这里表示将每个样本稀释到10000个序列数

2. 将biom格式转为txt文本

/home/Hemaozhang/anaconda3/envs/qiime1/bin/biom convert -i OTU_table_even10000.biom -o OTU_table_even10000.txt --to-tsv --header-key taxonomy

参数:  -i, -o 分别接输入输出文件

--to-tsv  指定了输入格式,这个参数一定要有,否则会报错

--header-ley taxonomy 表示在输出文件的最后一列加上微生物分类信息

最终生成如下文件:

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