张申府的出走一方面是对蒋介石不满，另一方面也与此时政治局势的变化有关。1924年5月召开的中共中央执行委员会扩大会议上，中共决定从思想上、组织上加强国民党左派，反对国民党右派。
这个革命化似乎进行得很顺利，当时“差不多一切党部和民众团体的下层组织都充满共产党，尤其军队的党部和政治部更充满共产党”。
这引起国民党右翼的极大不满，甚至联名向孙中山和国民党中央执行委员会提出“弹劾中国共产党人案”，孙中山也同意在8月召开的国民党二中全会讨论“弹劾中国共产党人案”。中共总书记陈独秀对此反应强烈，甚至提议退出国民党。
聂荣臻（前排右三）与黄埔军校政治部全体工作人员合影周恩来在黄埔发展中共党团组织，成立了中共黄埔支部。与此同时，他还利用自己政治部主任的身份，在黄埔军校秘密发展了一支完全由中共领导的学生军。
叶挺在叶挺的协助下，周恩来组织了一支一百多人的铁甲车队，叶剑英则组织了另两支亲共产党的连队。这些武装力量日后成为对抗国民党的骨干。
周恩来建立健全了中共党团组织，成立了“中共黄埔军校特别支部”，积极发展党团员，使中国共产党在黄埔军校的势力有了长足的发展。
随着第二期、第三期学生入校，中共党员人数由占学生总数的8%上升到30%左右，并在自己周围团结了一批左派师生。
为加强黄埔军校的政治工作，周恩来从第一期学生队中选调了李汉藩、杨其纲、蒋先云、李之龙等共产党员到政治部工作。
蒋先云针对蒋介石在黄埔军校大搞曾国藩、左宗棠治兵那一套，周恩来也搞了一套政治教育计划，加授《社会发展史》、《帝国主义侵略中国史》、《各国革命史》等课程，增加了政治教育的分量，丰富了政治教育的内容，并先后请来恽代英、肖楚女、张秋人、熊雄等中共党员任军校政治教官，还请来罗易、聂荣臻等中共党员任政治部秘书兼教官。
恽代英周恩来以自身的人格魅力，赢得了广大师生的敬重与爱戴，潜移默化地为国共分裂后的中共情报网奠定了坚实的基础。
1925年1月下旬，广东国民政府决定将组建起的黄埔学生军投入东江战役，彻底消灭陈炯明军阀部队。
为了保证战役的胜利，协调各方面的关系，周恩来被任命为东征军政治部主任，协助蒋介石、加伦将军在前线指挥作战。