合作医疗不能报销的范围为：应当由第三人负担的；应当由公共卫生负担的；应当从工伤保险基金中支付的；在境外就医的。符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
医疗保险不予报销的费用有：
1、服务项目类：
挂号费、院外会诊费、病历工本费等；出诊费、检查治疗加急费、点名手术附加费、点名手术附加费、优质优价费、自请特别护士等特需医疗服务；
2、诊疗设备及医有用材料类：
应用正电子发射断层扫描装置（PET）、电子束CT、眼科准分子激光治疗仪等大型医疗设备进行的检查、治疗项目。眼镜、义齿、义眼、义肢、助听器等康复性器具。各种自用的保健、按摩、检查和治疗器械。各省物价部门规定不单独收费的一次性医用材料；
3、治疗项目类：
各类器官或组织移植的器官源或组织源；除肾脏、心脏瓣膜、角膜、皮肤、血管、骨、骨髓移植外的其他器官或组织移植；近视眼矫形术；气功疗法、音乐疗法、保健性的营养疗法、磁疗等辅助性治疗项目。
【法律依据】：
《中华人民共和国社会保险法》第二十
符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
第二十九条
参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。
社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。
