根据法律规定，建设工程施工合同属于民事合同，民事合同是平等主体之间的合同。甲方和乙方在法律上地位是平等的，而“罚款”所体现的关系是不平等主体之间的关系，比如 公司对员工的罚款，执法机关对违法的人的罚款，所以，甲方无权对乙方罚款。在签订施工合同时，甲方为了避免“罚款”二字被认定无效，经常用“违约金”来表述。比如“如果乙方未能按期完工，甲方有权向乙方收取5万元违约金”，这样表述就是合法的。如果表述为”如果乙方未能按期完工，甲方有权向乙方罚款5万元”，这样表述是不正确的，如果打官司，经常判定该条款无效。
工程合同纠纷是属于民事纠纷的。工程合同纠纷是属于平等主体之间的纠纷，然后平等主体之间的，以民事权利为义务的，然后因财产关系和人身关系发生纠纷的，就是属于民事纠纷。因此工程合同纠纷是属于民事纠纷，当事人之间发生纠纷的，可以向人民提起民事诉讼，请求人民作出判决。
罚款跟罚金的区别是什么：
1、法律性质不同：罚款属于行政处罚，而罚金则属于刑事处罚；
2、执法机关不同：罚款一般由行政执法机关决定，而罚金则由人民依法判决；
3、适用对象不同：罚款适用于违反行律、法规尚未构成犯罪的一般违法分子，而罚金则适用于违反刑事法律的犯罪分子；
4、 法律依据不同：人民判处罚金的 法律依据是《中华人民共和国刑法》和《中华人民共和国刑事诉讼法》。行政机关作出罚款决定的 法律依据是《中华人民共和国行政处罚法》。
法律依据：
《中华人民共和国民事诉讼法》 第三条 适用范围人民受理公民之间、法人之间、其他组织之间以及他们相互之间因财产关系和人身关系提起的民事诉讼，适用本法的规定。
《中华人民共和国民法典》 第七百九十五条 施工合同的内容一般包括工程范围、建设工期、中间交工工程的开工和竣工时间、工程质量、工程造价、技术资料交付时间、材料和设备供应责任、拨款和结算、竣工验收、质量保修范围和质量保证期、相互协作等条款。
