公司安排员工加班，计算工资的方式：如果员工在正常的工作日加班的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；在休息日加班的，支付不低于工资的二倍的工资报酬；在法定休假日加班的，则支付不低于工资的三倍的工资报酬。
【法律依据】
《中华人民共和国劳动法》第四十三条
用人单位不得违反本法规定延长劳动者的工作时间。
第四十四条
有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
第四十五条
国家实行带薪年休假制度。
劳动者连续工作一年以上的，享受带薪年休假。具体办法由国务院规定。
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