建设工程施工合同无效违约条款有效，根据民法典规定，无效的合同部分不影响其他有效部分。无效行为应返还财产或折价补偿，并赔偿损失。工程合同纠纷的诉讼时效为三年，自权利受损之日起计算。建设工程合同有效要件包括当事人具备民事行为能力、协商一致的合同内容，并在书面形式上签字盖章。工程合同包括勘察、设计、施工合同。
法律分析
一、建设工程施工合同无效违约条款是否有效
建设工程施工合同无效违约条款有效。无效的建设施工合同可以请求人民法院或者仲裁机构确认无效，不影响其他部分效力的仍然有效。对于无效行为取得的财产予以返还或作折价补偿，同时酌情赔偿对方由此所受到的损失。
根据《中华人民共和国民法典》第一百五十六条民事法律行为部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。
第一百五十七条民事法律行为无效、被撤销或者确定不发生效力后，行为人因该行为取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。法律另有规定的，依照其规定。
二、工程合同纠纷的诉讼时效是多久
工程合同纠纷的诉讼时效是三年。
《中华人民共和国民法典》第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
三、建设工程合同有效要件
建设工程合同有效要件如下：
1.当事人具有相应的民事行为能力；
2.建设工程合同的内容经过协商已达成一致；
3.在书面形式的合同上，所有当事人已经签字、盖章。
《民法典》第四百九十条第一款规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
第七百八十八条规定，建设工程合同是承包人进行工程建设，发包人支付价款的合同。
建设工程合同包括工程勘察、设计、施工合同。
结语
根据《中华人民共和国民法典》规定，建设工程施工合同无效违约条款可以被确认无效，但不影响其他部分的有效性。对于无效行为取得的财产，可以予以返还或折价补偿，并酌情赔偿对方的损失。此外，工程合同纠纷的诉讼时效为三年，自权利受损害之日起计算。建设工程合同的有效要件包括当事人具有民事行为能力、合同内容经过协商达成一致，并在书面形式上签字盖章。建设工程合同涵盖工程勘察、设计和施工等方面。
法律依据
《中华人民共和国民法典》第四百九十条
《中华人民共和国民法典》第七百八十八条
《中华人民共和国民法典》第一百五十六条
《中华人民共和国民法典》第一百五十七条
[5]《中华人民共和国民法典》第一百八十八条
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