建设工程合同纠纷可以约定仲裁，但前提是仲裁协议或者条款是有效的。根据《民诉解释》第215条规定，依照民事诉讼法第124条第2项的规定，当事人在书面合同中订有仲裁条款，或者在发生纠纷后达成书面仲裁协议，一方向人民起诉的，人民应当告知原告向仲裁机构申请仲裁，其坚持起诉的，裁定不予受理，但仲裁条款或者仲裁协议不成立、无效、失效、内容不明确无法执行的除外。第216条规定，在人民首次开庭前，被告以有书面仲裁协议为由对受理民事案件提出异议的，人民应当进行审查。由上述可知，仲裁条款具有抗辩效力，阻却对于争议事项的管辖。
一、发生纠纷，双方可以进行仲裁么
如果约定了有效的仲裁条款，就不能再通过诉讼方式解决：反之当事人没有订立仲裁协议或仲裁协议无效的，可以向人民起诉。还有一种情况是，合同一方向人民起诉时没有声明有仲裁协议，合同另一方在首次开庭前未对人民受理该案提出异议的，视为放弃仲裁协议，人民可以继续审理。
【本文关联的相关法律依据】
《最高人民关于适用的解释》第二百一十五条依照民事诉讼法第一百二十四条第二项的规定，当事人在书面合同中订有仲裁条款，或者在发生纠纷后达成书面仲裁协议，一方向人民起诉的，人民应当告知原告向仲裁机构申请仲裁，其坚持起诉的，裁定不予受理，但仲裁条款或者仲裁协议不成立、无效、失效、内容不明确无法执行的除外。
