土增税核定征收的方式如下：
1、核定征收，按照转让二手房交易价格全额的1%征收率征收，土地增值税=二手房交易价格全额乘以1%；
2、减除法定扣除项目金额后，按四级超率累进税率征收，土地增值税=增值额乘以适用税率-扣除项目金额乘以速算扣除率。
土增税清算的扣除项目如下：
1、纳税人为取得土地使用权所支付的相关金额；
2、开发土地的成本、费用，具体包括土地征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、公共配套设施费、开发间接费用；
3、新建房及配套设施的成本、费用，或者旧房及建筑物的评估价格；
4、与转让房地产相关的税金；
5、财政部规定的其他扣除项目。
法律依据：《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第九条
纳税人有下列情形之一的，按照房地产评估价格计算征收：
（一）隐瞒、虚报房地产成交价格的；
（二）提供扣除项目金额不实的；
（三）转让房地产的成交价格低于房地产评估价格，又无正当理由的。
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