员工加班住宿费可以抵扣。
员工加班住宿费抵扣的流程可能包括以下步骤：
1、员工在出差期间因工作需要发生的住宿费用，可以报销并取得增值税专用发票；
2、员工将住宿费增值税专用发票提交给财务部门；
3、财务部门审核住宿费增值税专用发票是否符合抵扣条件；
4、如果符合抵扣条件，财务部门将住宿费增值税专用发票的税额从员工的个人所得税应纳税所得额中扣除；
5、如果不符合抵扣条件，财务部门将不予扣除住宿费增值税专用发票的税额，并要求员工处理相应的原因。
员工加班住宿费可以抵扣的材料如下：
1、住宿发票：员工需要提供住宿发票，发票上需要包括住宿日期、住宿费用、发票号码等信息；
2、加班证明：员工需要提供公司出具的加班证明，证明加班时间和加班工资，加班时间需要与住宿时间相符；
3、差旅报销单：如果是出差期间产生的住宿费用，需要提供差旅报销单，报销单上需要包括出差地点、住宿费用、发票号码、出差日期等信息；
4、工资支付凭证：员工需要提供工资支付凭证，证明公司已经支付了员工的加班费用。
综上所述，具体的流程会因企业财务制度和员工出差管理制度的不同而有所不同，企业可以制定符合自身实际情况的抵扣流程。
【法律依据】：
《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》 第二十五条
只要业务是真实的，因公出差支付住宿费，取得的增值税专用发票的进项税额是可以抵扣的。
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